从目前情况看，虽然该商业承兑汇票业务得到了快速发展，但其仍然存在诸多问题和难点，较大程度上制约着商业承兑汇票业务的进一步发展。大致来讲包括以下几点，感兴趣的朋友不妨耐心往下阅读。
一是信用基础薄弱，造成商业承兑汇票使用面窄、流通量少。由于信用基础薄弱，大多数企业不愿意使用商业承兑汇票；有的企业即使愿意签发，也因无人接受而只得作罢。运用中央银行再贴现手段引导规范商业承兑汇票业务，也存在签发使用商业承兑汇票的企业少、商业承兑汇金额占市场交易份额小等问题，使商业承兑汇票难以成为市场交易的一种主要手段。
二是商业承兑汇票的使用地域限制性强，影响着商业承兑汇票业务的流通和发展。从该市使用情况看，供货商若是本地企业，对购货商签发的商业承兑汇票比较容易接受，资金不足时也可在当地银行办理贴现，但当供应商为外地企业时，外地企业由于不能确切了解签发企业的真实信用状况，往往不愿接受商业承兑汇票；即使勉强接受，在当地办理贴现、或者背书转让给其他企业也相当困难。同时，贴现银行在向其他金融机构转出商业承兑汇票时也仅局限于回购方式，商业承兑汇票的跨地区流通异常困难。
三是受银行信贷管理体制的制约，商业承兑汇票贴现难、贴现成本高。商业银行强调风险防范，普遍担心商业承兑汇票到期不能兑付形成新的不良资产，因此办理商业承兑汇票贴现的要求很严：商业银行各分、支行必须事先报告申请，由总、分行给予授信后方可办理。银行为商业承兑汇票办理贴现时，贴现利率往往高于银行承兑汇票的贴现利率，加大了持票人的资金成本，使得企业不愿接受商业承兑汇票。
四是缺少专业性票据经营机构，商业银行参与热情不高。一方面，由于专业性票据经营机构发育迟缓，商业票据贴现、转贴现等业务只是商业银行的“副产品”，致使大量商业票据贴现手续繁琐、效率低下，影响了企业通过商业票据融资的积极性。另一方面，商业银行作为票据市场上最重要的主体，受商业票据贴现的手续繁琐和贴现利率低等因素制约，缺乏开展票据业务的动力；也有银行认为，企业签发票据会减少贷款或银行承兑汇票的使用。因此，商业银行对该项业务的参与热情不高。